In 1978-1979 nam François Schuiten deel aan het avontuur van de 9ème Rêve, een catalogus-inventaris van het werk van studenten die een ander soort stripverhaal wilden voorstellen, naar het voorbeeld van Franse kranten als Charlie Mensuel of vooral Métal Hurlant.
In de Belgische editie van de krant Pilote, publiceerde hij een volledig verhaal getiteld Mutatie. In het dertiende nummer van Métal Hurlant, in 1977, publiceerde hij het eerste verhaal van Carapace, daarna La débandade (met zijn broer Luc). Het geheel werd gepubliceerd in drie albums door Humanoïdes Associés: Carapace, Les Terres creuses (Zara), en Nogégon.
Met Claude Renard maakte hij twee albums voor Humanoïdes Associés: Aux Médianes de Cymbiola (1980) en Le rail (1982), alsmede een portfolio, L'Express. Terzelfder tijd werkte hij deeltijds aan Atelier R met Claude Renard.
Vanaf 1981 werkt hij samen met Benoît Peeters, een jeugdvriend. Het eerste verhaal over de duistere steden, Les Murailles de Samaris (De muren van Samaris), verscheen in A Suivre, waar we het betoverende idee vinden van het uitgestrekte gigantisme van de steden. Het album werd uitgegeven door Casterman in 1983. De reeks Obscure Cities omvat ook La Fièvre d'Urbicande (1984), La Tour (1987), La Route d'Armilia (1988), Brüsel (1992), L'Enfant Penchée (1996) en L'Ombre d'un Homme (1999), La Frontière Invisible, deel 1 (2002) en deel 2 (2004). Om nog maar te zwijgen van albums als L'Archiviste (1987), Le Musée A Desombres (1990), L'Echo des Cités (1993), Mary la Penchée (1995) of Le Guide des Cités Obscures (1996), The Book of Schuiten (2004), Les Portes du Possible (2005), meer bijzonder qua inhoud en formaat, La Théorie du Grain de Sable (2007), La Théorie du Grain de Sable, tome 2 (2008)
In maart 2010, een “Lonely Planet” gids voor Brussel, volledig getekend.
April 2012, La Douce, stripverhaal, script en tekening.
December 2012: Japan. Les Cités obscures ontvangt de Grand Prix Manga op het 16e Japan Media Arts Festival in Tokyo voor de vertaling uitgegeven door ShoPro.
December 2012: Japan. Cities of Darkness won de eerste plaats in de Comics Translated into Japanese (ed. ShoPro) op de Gaiman Awards in Tokyo.
Februari 2013: Japan. The Obscure Cities ontving de Grote Prijs voor Strips in de categorie Manga op het Japan Media Arts Festival.